ساختمان اصلی مسجد جامع در قرن ششم هجری قمری در زمان آل مظفر انجام شد و متعاقباً قسمت های مختلف آن تکمیل و مرمت شد و در سال 778 هجری قمری دالان مسجد بنا شد. از امتیازات معماری و هنری این مسجد، ساختمان و کاشی کاری معرق آن می باشد، تزئینات کاشی معرق و گره کاری داخل و خارج گنبد بسیار ارزنده است، مهم ترین اثر تزئینی مسجد محراب سنگی آن است. این محراب از سنگ مرمر یک پارچه ساخته شده و با نقوش کاشی معرق آرایش داده شده است.روشنایی مسجد که به صورت غیر مستقیم در داخل شبستان قدیمی جریان دارد، از امتیازات قابل توجه مسجد است که بوسیله نور از گچ سفید گنبد و دیوار تأمین شده است. این نوع نور پردازی روشی است که معماران قرن هشتم ه.ق به آن توجه داشته اند. این مسجد به بلندی مناره ها ، وسعت صحن بلند ایوان ، خوابیدگی و وسعت شبستان شهرت تاریخی دارد گفته شده که بنای مسجد جامع برروی آتشکده ای ساخته شده است. این مسجد دارای دو مناره بلند و زیبا است، می گویند این مناره ها بلندترین مناره در میان مناره های مساجد موجود در ایران است. یکی از معماران قدیمی و هنرمند استان یزد در تشریح بنای مسجد اظهار دارد که در ساخت این بنای عظیم از آهن استفاده نشده و تمام بناها با تاق ضربی، کاهگل و گچ استوار است.