موزه مارکار در ساختمانی با قدمت بیش از 80 سال با معماری بی نظیر و با شکوه قرار دارد. این بنای آجری به عنوان خوابگاه شبانه روزی دانش آموزان دبستان و دبیرستان مارکار مورد استفاده قرار می گرفته است. بنا دارای معماری خاص می باشد به گونه ای که بیشترین استفاده از نور خورشید و بیشترین ماندگاری انرژی در آن اتفاق می افتد. مجموعه برای تامین آب مورد نیاز از آب انبار، گاو رو، پاکنه و راه قنات استفاده می کرده است که تمامی آنها قابل بازدید می باشند. همچنین حمام و توالت های قدیمی در محوطه مجموعه، بازدیدکنندگان را با سبک زندگی مردمان در 80 سال پیش آشنا می سازد. موزه تاریخ و فرهنگ زرتشتیان در زیر زمین مجموعه قرار دارد. در موزه گردشگران ابتدا با تاریخچه مجموعه آموزشی مارکار و زندگی نامه پشوتن جی دوسابایی مارکار بنیانگذار مجموعه مواجه می شوند.جشن ها و آیین ها سنتی زرتشتیان، اشوزرتشت نخستین پیام آور ایرانی، گاتها کتاب مقدس زرتشتیان،پوشش سنتی زرتشتیان، زیارتگاه های زرتشتیان مانند چک چک و بنا های شاخص زرتشتیان مانند دخمه و آتشکده یزد از جمله قسمت های موزه می باشند که گردشگران می توانند با آنها آشنا شوند.موزه مارکار همه روزه به غیر از دوشنبه ها از ساعت 16:30 تا 20:30 آماده میزبانی از بازدیدکنندگان است. موزه در نزدیکی آتشکده یزد قرار دارد و با کمتر از 10 دقیقه پیاده روی می توان از آتشکده به موزه رسید.