این مسجد بى نظیر که شاهکار دیگرى از معمارى وکاشی کاری قرن 11 هجری قمری است به فرمان شاه عباس اول برای ارج نهادن به خدمات شیخ لطف الله ازعلمای‌ بزرگ‌ شیعه‌ که در لبنان‌ امروزی‌ بود و به‌ دعوت‌ شاه‌ عباس‌ اول‌ در اصفهان‌ اقامت‌ گزیده بود در مدت هجده سال بنا شد.
در مدح این بنا همین بس که باستان ‏شناسان خارجى در مورد عظمت معمارى آن گفته‏ اند: «به سختى می ‏توان این بنا را محصول دست بشر دانست».
این مسجد برخلاف مساجد دیگر فاقد صحن و حیاط است و گفته می شود برای زنان حرمسرا بنا شده است که از زیر میدان به این مسجد دسترسی داشته اند اما این داستان هیچگاه به اثبات نرسید. گنبد مسجد از درون بسان طاووسی پرگشوده است که گفته می شود در هنگام اذان ظهر نور آفتاب به نوک آن می رسد.