موزه تاریخ طبیعی همدان که شاید بتوان آن را غنی ترین موزه ایران در نوع خود دانست، در سه بخش مجزا نمونه های بیشماری را در خود جای داده است که کشف برخی از این نمونه ها مانند پنج گونه ماهی جدید از خلیج فارس و چند نمونه فسیل، منحصر به این موزه بوده و از برتری های آن محسوب می شود. سالن شماره 1 شامل نگاره های سنگی کشف شده از مناطق مختلف ایران و همچنین حدود 300 مورد صحنه سازی از حیات وحش ایران می باشد که در معرض دید عموم قرار گرفته است. سالن شماره 2 به آبزیان اختصاص دارد که بخشی از آن شامل آکواریوم هایی است که ماهیان آب شیرین در آنها نگهداری می شوند و در بخش دوم نمونه های کمیاب و نفیسی از انواع آبزیان، خزندگان و پستانداران به شکل تاکسیدرمی نگداری می شوند؛ و در سالن شماره 3 مجموعه ای از نمونه های کانی، فسیلی و سنگهای رسوبی به جای مانده از ادوار مختلف زمین شناسی ایران، جمع آوری شده است.