بیین سال‌های 1604ـ1605 م، گروهی از ارامنه جلفای نخجوان که به ایران کوچ کرده بودند به فرمان شاه عباس اول صفوی در ساحل جنوبی زاینده رود اسکان داده شدند. آنها به یاد زادگاه خود محل جدید را جلفای نو نامیدند. هنرمندان ارمنی در جلفای نو با بهره جویی از میراث هنری سرزمین آبا و اجدادی خود و تاثیرپذیری از هنر ایرانی، به ابداع آثار هنری گوناگون از جمله بنای کلیساها و عمارت های مجلل پرداختند که در میان آن ها کلیسای وانک جلفای اصفهان به شاهکاری باشکوه و بی‌بدیل بدل گشت. این کلیسا به یاد کلیسا و دیر معروف سورپ آمناپرگیچ وانک به معنای دیر ناجی مقدس همگان، که در نخجوان بود در سال 1605 به همین نام در جلفای نو بنا نهاده شد و طی مدت زمان کوتاهی تبدیل به مرکز دینی جامعهٔ ارمنیان ایران و هندوستان شد.
دیرتر این کلیسا وسعت یافت و بخشی از آن به کتابخانه و بخشی دیگر به موزه اختصاص یافت و اشیای قدیمی، تابلوهای رنگ روغن، نسخه‌های خطی و آثار ارزشمندی که جلفایی ها از اروپا و کشورهای آسیایی به ایران آورده بودند زینت بخش دیوارهای آن شد. همچنین فراخوانی به ارامنه جلفا برای انتقال اشیا و گنجینه‌های موجود در کلیسای وانک نخجوان و کلیساها و اماکن دیگر، این موزه را به یکی از بی‌نظیرترین موزه‌های ارامنه تبدیل کرد.
در این موزه می‌توانید انواع کتاب‌ها و نسخه‌های خطی مانند انجیلی متعلق به قرن دهم میلادی نوشته شده بر روی پوست و قرآنی ترجمه شده به زبان ارمنی متعلق به قرن هجدهم میلادی، تابلوهای گچ بری و نقاشی از جمله سیاه قلمی که آنرا منصوب به حضرت ابراهیم می دانند و یا تمثال حضرت مریم و نقاشی های به جا مانده از کاخ های صفوی، زیورآلات، منسوجات و البسه ارامنه، ظروف چینی و سفالی، آثار چوبی، فرامین پادشاهان، مسکوکات، غرفه قتل عام ارامنه و غیره را بیابید.
اما دیدنی‌ترین و بی نظیرترین اثر موزه را شاید بتوان آیه ای از انجیل دانست که بر روی تارمویی حکاکی شده و صرفا با چشم مسلح قابل مشاهده است.
در صورت تمایل جهت بازدید از کلیسا در ایام سال نو میلادی، از قبل هماهنگی نمایید تا با تعطیلات کلیسا مواجه نشوید.